荧光染料泛指吸收某一波长的光波后能发射出另一大于吸收光波长的光波的物质。
原理：
荧光染料物质在在激发光照射下，荧光染料物质中的吸收分子跃迁到激发态，激发态的分子通过辐射跃迁（荧光、磷光）和无辐射跃迁（可分为振动驰豫、内部能量转换、体系间跨越、外部能量转换）途径回到基态。
扩展：磷光、荧光的区别：https://mp.weixin.qq.com/s/CwkV9tr9jRbTehfbtIA_FA

一、基础术语
激发光谱：表示不同激发波长的辐射引起物质发射某一波长荧光所得的光谱；
发射光谱：不同的发射波长引起在其固定激发光波长的荧光强度所得的光谱；
内滤光：体系内存在可以吸收荧光的物质，或荧光物质的荧光短波长与激发光长波长有重叠，称为内滤光；
荧光自吸：荧光物质浓度较大，吸收自身的荧光发射。
荧光寿命：当激发光切断后荧光强度衰减至原强度的1/e所经历的时间。
荧光效率：发射的光量子数与吸收的光量子数的比值。荧光效率只能在0和1之间。

二、常见分类
1、荧光素类染料，如：FITC/FAM/TET
2、罗丹明类染料，如：RBITC/TAMRA
3、CY系列菁染料，如：Cy3/Cy5
4、Alexa系列染料，如：AlexaFluo
5、蛋白类染料，如：PE/PC/APC

三、理想的荧光染料
1、具有高的光子产量，信号强度高；
2、对激发光有较强的吸收，降低背景信号；
3、激发光谱与发射光谱之间距离较大，减少背景信号的干扰；
4、易与被标记的抗原等生物物质结合而不影响被标记物的特异性；
5、稳定性好，不易受光、温度、pH，标本抗凝剂和固定剂的影响。

四、荧光强度影响因素
1、溶剂：溶剂极性、介电常数或与溶剂作用从而改变荧光物质；
2、温度：温度升高，内外转换增加，粘度或刚性降低从而导致荧光强度下降；
3、pH：具酸或碱性基团的有机物，在不同 pH 值时，其结构可能发生变化，因而荧光强度将发生改变；
4、内滤光和自吸

五、荧光光谱特性
1、荧光发射波长总是大于激发波长（斯托克斯位移）
2、荧光发射光谱的形状与激发波长无关
3、荧光发射光谱与激发光谱的镜像关系

六、工具
常见的荧光染料波长参数1
常见荧光染料波长参数2
荧光光谱查看器

参考
《荧光分析法》